El CISeAL se organiza en tres áreas, la primera integrada por investigadores y el personal de apoyo a cargo de conducir los proyectos de investigación y servicios del Centro y las otras dos (DIGACI Y DIGEP) encargadas de las actividades administrativas y planificación científica. Contamos con un Coordinador General, quien articula el trabajo de todo el CISeAL y lidera las acciones de crecimiento de la organización.

Dentro de la estructura organizacional de la PUCE, nos ubicamos como el Centro de referencia de salud de la Facultad de Ciencias Exactas y Naturales.