El CISeAL se organiza en tres áreas, la primera integrada por investigadores y el personal de apoyo a cargo de conducir los proyectos de investigación y servicios del Centro y las otras dos (UGACI Y UGEP) encargadas de las actividades administrativas y planificación científica. Contamos con un Director, quien articula el trabajo de todo el CISeAL y lidera las acciones de crecimiento de la organización.

Dentro de la estructura organizacional de la PUCE, nos ubicamos como el Centro de referencia de salud.