CISeAL nació como un pequeño laboratorio en 1999 y creció hasta convertirse en un centro gracias a la colaboración de la Pontificia Universidad Católica del Ecuador y la Universidad de Ohio, EEUU. El crecimiento del centro se dio con el apoyo de organizaciones ecuatorianas, como el Ministerio de Salud Pública y de organizaciones internacionales, como la Organización Mundial de la Salud y Los Institutos Nacionales de Salud de Estados Unidos.

El financiamiento externo permitió que el Centro pudiera albergar cada vez más estudiantes e investigadores, y los resultados de sus proyectos comenzaron a tener un efecto profundo en el país. El trabajo en equipo posicionó a CISeAL como un centro de investigación a nivel nacional y global.

El crecimiento constante del Centro determinó la expansión de su infraestructura. En junio de 2016, CISeAL inauguró su nueva sede en Nayón, Ecuador. En las nuevas instalaciones de bioseguridad nivel 2 y 3, 22 grupos de investigación permanentes con personal de apoyo, y también estudiantes e investigadores invitados, pueden realizar investigaciones con equipos de última tecnología.

Nuestros principales proyectos de investigación se han centrado en diversos aspectos relacionados con la enfermedad de Chagas y con la mejora de la seguridad y calidad de la sangre donada en el Ecuador. Nuestros objetivos se han extendido para incluir 

nuevos proyectos relacionados con malaria, dengue, Zika y otras enfermedades infecciosas. Además, desde el año 2003 el CISeAL lleva a cabo el control externo del desempeño en tamizaje serológico de todos los bancos de sangre del Ecuador. A partir del 2013, el portafolio de investigación del Centro se amplió para cubrir enfermedades crónicas, principalmente diabetes.